资产管理与财务管理面临的最严重的问题是资产实物账与财务总账和明细账不一致，这是高校面临的共同问题。究其原因，可以从如下方面做分析。以仪器设备为例，各高校设备管理部门根据仪器设施管理办法，将捐赠、调入设备纳入固定资产管理范围。但由于不涉及经费问题，这类资产很少在财务部门办理入账手续，导致财务账面上未能如实反映这部分资产的价值。建筑物在建设过程中，一般会配套安装基础设施和家具等资产，如电梯、中央空调系统和办公家具。由于基础设施项目（如大楼）建设周期长，配套设备安装验收后即投入使用，纳入设备管理范围；而财务核算是在基建项目验收后，一般会比设备验收滞后数月甚至数年。由于资产管理周期和财务管理周期的不同，导致资产实物账与财务账不一致。高校资产管理部门使用的资产分类编码与财务部门资产分类会计科目不一致，尤其是仪器设施的分类。目前高校在资产管理中使用的是教育部高教司编制的《高等学校固定资产分类及编码》，将仪器设施分为仪器仪表、机电设备、电子设备、印刷机械、卫生医疗器械、文体设备、行政办公设备共七大类；而财务部门使用的是《高等学校财务制度》，仪器设施只分为专用设备和一般设备两类。因为资产分类不统一，给设备管理部门与财务部门的对账工作带来很大困难，在具体工作中缺乏统一有效的分类统计依据。关于资产分类，目前财政部和教育部沿用不同的分类标准，在每年度的国有资产情况上报工作中，也存在资产分类转换的问题，给国有资产上报工作带来一系列困难。一般来说，资产使用部门在资产管理部门登记入账后，再至财务部门履行报账手续，就会形成入账时间的差异。在采用手工入账时，这种差异更明显，有些甚至相差数年。入账时间有差异，资产与财务对账时间节点难以确定，导致对账过程中，很难做到每一笔明细账都相符。目前，资产管理部门集中管理学校资产，需要报废的资产在资产管理部门完成处置和销账后，却难以在财务部门进行对应销账。财务部门要明确资产入账时的会计科目和固定基金明细，这样才可以对相应的会计科目和科研基金进行减值，而这一些信息在各资产管理信息系统中是未知的，资产管理部门没办法提供报废资产的会计科目和科研基金信息，造成财务部门在资产销账时无法按明细执行。

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